I 1997 blev HB's ledelse på 22 medlemmer kollektivt idømt 7 års fængsel for i valgkampen i 1996 at ville have vist en video hvor ETA fremlagde sit fredsforslag: «Demokratisk Alternativ» (se ETA). HB samlede til nogen af deres største demonstrationer efter fængslingerne, med tæt på 100.000 i Bilbo's (Bilbao's) gader. De 22 blev først frigivet i juli 1999, efter at en appelret havde erklæret dommen fra 1997 for forfatningsstridig.

Op til valget i 1998 til parlamentet i Gasteiz, som styrer de tre provinser Gipuzkoa, Bizkaia og Araba, overvejede den spanske regering åbenlyst at forbyde HB. På den baggrund valgte bevægelsen at danne en ny valgblok under navnet Euskal Herritarok (Baskiske Borgere). HB fortsatte som organisation og var også den helt afgørende kraft i EH, som dog også samlede andre baskiske venstrekræfter. EH fik det hidtil bedste valg for den baskiske venstrefløj - med 18% af stemmerne.

HB har fra starten haft sit udgangspunkt i KAS-alternativet som også har været grundlaget for ETA og en række andre politiske organisationer. HB har ikke delaget i den væbnede kamp, men har kæmpet for de samme mål med andre midler. De har anerkendt den væbnede kamps betydning og ikke villet tage stilling til enkeltaktioner. På den baggrund er de blevet beskyldt for at være «ETA's politiske gren», hvilket de ikke betragter sig selv som. HB ser sig selv som en del af samme befrielsesbevægelse - i bred forstand - som ETA og en række andre organisationer.

HB har ikke været organiseret som er traditionelt parti, men som en bevægelse uden et egentligt medlemskab. I HB's lokale enhed - komité - kan alle i princippet møde op og deltage. Her koordineres kampen inden for forskellige områder, både den folkelige kamp og den parlamentariske. Disse lokale komiteer vælger repræsentanter til regionale og landsdækkende ledende organer. HB har således ikke holdt kongresser, men må sende debatten ud lokalt, når større politiske beslutninger skal drøftes